Вы, конечно, помните, что для образования вопросов мы ставим вспомогательный глагол на первое место:
HE IS at home. — Он дома.
IS HE at home? — Он дома?
Where IS HE? — Где он?
Но! Если вопрос находится «внутри» другого предложения, ничего никуда выносить в нем не нужно. По-умному это называется «косвенный вопрос».
Where IS HE? - Где он? (просто вопрос)
I know where HE IS. - Я знаю, где он. (вопрос стал частью сложного предложения)
Внимательнее с этим, это одна из самых частотных ошибок русскоговорящих.